Hvornår farmacien har fået fodfæste i Danmark vides ikke. I det 13. og 14. århundrede blev landet hovedsageligt forsynet med lægemidler fra klostrenes urtehaver og ved import af råvarer og færdige medikamenter foretaget af omrejsende købmand, der solgte deres varer på markederne. I 1400 tallet oprettede disse landefarere faste udsalgssteder, der ikke var apoteker men nærmest urtekræmmerboder, hvorfra også andre varer solgtes. Den første kendte apoteker var Willum Unno, som i 1546 efter kongeligt privilegium anlagde et apotek på det nuværende Højbroplads i København.
For at opnå svendebrev måtte man stå 5-6 år i lære hos en apoteker. I Unnos apotekerbevilling stilles som det første krav til svendenes kvalifikationer, at de er "gode og forstandige". Efter 1672 forordningen måtte svende, der ønskede at opnå bevilling, lade sig eksaminere ved Universitetet uden forudgående formaliseret undervisning. I 1811 indførtes farmaceutisk medhjælpereksamen, som blev afholdt af den lokale embedslæge. I 1892 oprettedes Den farmaceutiske Læreanstalt (nu: Danmarks Farmaceutiske Højskole), hvor siden uddannelse og eksamen har fundet sted.